A organização interna dos serviços da PJM obedece ao modelo de estrutura hierarquizada e compreende uma unidade orgânica nuclear de âmbito nacional - a Unidade de Investigação Criminal (UIC), bem como uma unidade orgânica flexível (UATA – Unidade de Apoio Técnico e Administração) que garante o apoio técnico à investigação criminal e a administração da PJM.
