O organograma apresenta a estrutura hierárquica da DGPDN.
o topo encontra-se o Diretor-geral, coadjuvado pela Subdiretora-geral.
Na dependência direta do Diretor-geral encontram-se as seguintes direções de serviços e unidade flexível:
- Direção de Serviços de Planeamento Estratégico de Defesa (DPED);
- Direção de Serviços de Relações Internacionais (DRI);
- Direção de Serviços de Cooperação no Domínio da Defesa (CDD);
- Divisão de Estudos e de Apoio à Gestão (DEAG).
