Com a adesão à Organização do Tratado do Atlântico Norte (NATO), como membro fundador, em 1949, Portugal assumiu o compromisso de estruturar uma orgânica político-administrativa de defesa, com um Ministério próprio, liderado por um Ministro responsável. Procedeu-se então à transformação do Ministério da Guerra em Ministério do Exército e à criação de um Ministro da Defesa.
Por fim, e para equiparar para efeitos de coordenação ministerial, os ramos da Forças Armadas, foi criado o Subsecretariado da Aeronáutica e fundada a Força Aérea Portuguesa, agregando-se nela as antigas aeronáuticas do Exército e da Aviação da Marinha.
Em 1 de Agosto de 1950, era reestruturada a orgânica do Conselho de Ministros. O Ministro da Defesa Nacional e o Ministro da Presidência eram agregados à Presidência do Conselho de Ministros. Não se tratava de facto de Ministérios, mas de Ministros que utilizariam os órgãos da Presidência do Conselho de Ministros para funções de coordenação e direção. O Ministro da Defesa Nacional tinha como funções, a coordenação dos problemas da defesa nacional e as altas questões relativas à Defesa Nacional, assim como a orientação e a coordenação dos três ramos das Forças Armadas. Deveria ainda dirigir a preparação da defesa civil e orientar os problemas relativos à mobilização civil. A racionalidade das funções do novo Ministro da Defesa Nacional alargava as suas funções a áreas não militares, como a mobilização nacional e a preparação da defesa civil, de acordo com a experiência da Segunda Guerra Mundial.
Um dos novos elementos da organização das Forças Armadas era a criação de um Chefe de Estado Maior das Forças Armadas (CEMGFA) com a função de conselheiro técnico do Ministro da Defesa Nacional, que dirigiria o órgão central de Estudo do Ministro, o Secretariado-Geral da Defesa Nacional (SGDN), ficando ainda com a competência de inspetor superior das Forças Armadas. O novo órgão era uma clara dependência do Ministro da Defesa Nacional. Ele procurava afiançar a supremacia do novo ministro sobre a totalidade das Forças Armadas, ao assignar que o supremo comando militar destas era um órgão derivado do Ministro da Defesa Nacional (Decreto-Lei 37.909 de 1 de agosto de 1950).
Na realidade, conservando-se o Exército e a Armada dependentes de Ministérios próprios, o renomeado Ministério do Exército e o Ministério da Marinha, a sua autonomia face ao Ministro da Defesa Nacional e ao Chefe do Estado Maior das Forças Armadas conservar-se-ia, em boa medida porque toda a estrutura orgânica e administrativa que permitia o efetivo funcionamento dessas forças estava dependente e ancorava-se nas estruturas administrativas-burocráticas dos respetivos ministérios.
Esta estrutura manter-se-ia sem alterações significativas até à revolução democrática de 1974. Com o 25 de abril de 1974, fruto de uma operação militar e a criação da Junta de Defesa Nacional, que asseguraria a direção das funções governativas, era estabelecida a independência das Forças Armadas relativamente à estrutura do governo provisório, tendo o Ministro da Defesa Nacional apenas a função de ligação entre as Forças Armadas e o governo. A independência das Forças Armadas manter-se-ia em vigor, mesmo depois de aprovada a Constituição da República Portuguesa em 1976. Com efeito, de acordo com o Art.º 200 da Constituição de 1976, a competência política, no respeitante à Política de Defesa Nacional, restringia-se a negociação e ajuste das convenções internacionais. A defesa nacional, e principalmente, quase tudo o que era relativo às Forças Armadas, dependia do Presidente da República e do Conselho da Revolução. O Ministro da Defesa Nacional continuava no essencial a ser um elemento de ligação entre as Forças Armadas e o governo e de coordenação interministerial das atividades afetas à defesa nacional.
Só com a revisão constitucional de 1982 efetivamente se criaria o Ministério da Defesa Nacional. Ele assentava na subordinação das Forças Armadas ao poder político, com a atribuição de competências em matéria da defesa nacional e das Forças Armadas ao governo. O governo passaria a conduzir a Política de Defesa Nacional, com o Ministro da Defesa Nacional a ser responsável pela componente militar da defesa nacional. Ao Primeiro-Ministro caberia a coordenação interministerial no que respeitasse à Defesa Nacional.
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