Foi ativada, no início do mês de março, uma Célula Permanente de Crise (CPC) no Comando Conjunto para as Operações Militares (CCOM), que tem como tarefas coordenar as ações de apoio no combate da pandemia COVID-19 por parte dos três Ramos das Forças Armadas enquanto agente de Proteção Civil, bem como efetuar a monitorização do impacto da doença nas capacidades das Forças Armadas, incluindo nas Forças Nacionais Destacadas.
No âmbito do aconselhamento para a área da saúde, a CPC é responsável pela gestão de dados dos militares relativamente à infeção pelo vírus SARS-CoV-2, bem como, o estudo de normas/orientações clínicas e definição das prioridades de atuação, em estreita coordenação com o Centro de Epidemiologia e Intervenção Preventiva (CPEI) do Hospital das Forças Armadas.
No que concerne à coordenação interagências e logística, no apoio à sociedade civil, foi acionado o Centro Logístico Conjunto e o Centro de Controlo de Movimentos para maximizar a eficácia das capacidades das Forças Armadas em prol dos pedidos de apoio chegados através da Autoridade Nacional de Emergência e Proteção Civil (ANEPC).
Através do oficial de apoio à Força de Reação Imediata (FRI), compete ainda à CPC receber e orientar eventuais pedidos de reforço militar, se requerido.
Esta célula é constituída por um conselheiro médico, um oficial de ligação ao Departamento Operacional Interagências, um oficial de ligação para a área da logística e um oficial de ligação à Força de Reação Imediata (FRI), que se articulam com os oficiais de ligação aos três Ramos residentes nos centros de gestão de crise dos Ramos.