Pelo decreto-Lei nº 37 909, de 1 de agosto de 1950, foi instituído o Secretariado-Geral da Defesa Nacional (SGDN) como órgão de estudo e de trabalho do Ministro da Defesa Nacional, tendo sido regulada a sua organização e atribuições pelo Decreto-Lei nº 37.955, de 9 de Setembro de 1950, que previa no artigo 6º a existência de uma Biblioteca, definindo-se no artigo 11º que transitaria para o Secretariado-Geral da Defesa Nacional a extinta Biblioteca da Majoria-General do Exército, sendo que os serviços, materiais e arquivos a transitar seriam definidos por Despacho do Ministro da Defesa Nacional, assim como o que deveria regressar ao Ministério do Exército.
Em 1960, o Decreto-Lei nº 43 077, de 18 de julho, atualizou a organização e atribuições do SGDN. Assim, o Conselho Administrativo superintendia, sob orientação do CEMGFA, em todos os atos de administração do SGDN e dirigia a Biblioteca.
Em 1969, por determinação do Decreto-lei 49.106, de 7 de julho, o SGDN foi remodelado dando origem ao Estado-Maior General das Forças Armadas e aos órgãos de serviço destinados à administração conjunta das forças armadas.
Em 1974, com a Revolução de 25 de Abril, o Secretariado-Geral da Defesa Nacional (SGDN) foi extinto, pela Lei nº 1/74, de 25 de Abril de 1974, pela qual todos os poderes eram exercidos pela Junta de Salvação Nacional.
Após o 25 de Abril de 1974, grande parte dos processos e serviços do SGDN foram herdados e continuados pelo EMGFA, através das suas Repartições e Divisões, incluindo a Biblioteca.
Em 1995, já sob a égide da Secretaria-Geral do Ministério da Defesa Nacional e através do Decreto Regulamentar n.º 14/95 de 23 de maio, a Biblioteca foi constituída como uma unidade orgânica da SGMDN com a designação de Centro de Documentação e Informação (CDI) na dependência direta do Secretário-Geral e coordenado por um técnico superior a designar por este.
Em 2015, este serviço passa a ser conhecido como Biblioteca da Secretaria-Geral da Defesa Nacional (BSGMDN) e surge de acordo com a alínea g) do artigo 6ª da Portaria n.º 290/2015 de 18 de setembro, na dependência direta da Direção de Serviços de Comunicação e Relações-Públicas (DSCRP).
Por despacho do Secretário de Estado da Defesa Nacional de 5 de abril de 2016, a BSGMDN, integra com outras bibliotecas do Ministério da Defesa Nacional, a Rede de Bibliotecas da Defesa Nacional (RbDN), coordenando a Comissão de Acompanhamento da Rede.
