A Biblioteca do Instituto da Defesa Nacional tem a sua origem em 1969 no Instituto de Altos Estudos da Defesa Nacional (IAEDN), criado em 1967 pelo Decreto-Lei n.º 48146. Este organismo tinha como missão o estudo aprofundado das questões da Defesa Nacional, promovendo a articulação entre os sectores civil e militar e destinando-se a altos responsáveis civis e militares, académicos e técnicos qualificados. Em 1969, o IAEDN lançou o Curso de Altos Estudos de Defesa Nacional, com duas edições nesse mesmo ano. Na sequência da Revolução de Abril, o Decreto-Lei n.º 635/74 determinou a suspensão das atividades do IAEDN. A sua missão viria a ser retomada em 1976 com a criação do Instituto da Defesa Nacional (IDN), através do Decreto-Lei n.º 550-D/76, que estabeleceu um novo organismo dedicado ao estudo dos problemas fundamentais da Segurança e Defesa, à formação dos quadros superiores das Forças Armadas e à reflexão sobre a realidade sociopolítica e o papel das Forças Armadas no Estado.
O IDN integrou formalmente a estrutura do Ministério da Defesa Nacional em 1988 (Decreto-Lei n.º 46/88), como órgão dotado de autonomia administrativa, com responsabilidades na investigação, formação e divulgação em matérias de Segurança e Defesa.
A Biblioteca, enquanto serviço integrante do IDN, foi oficialmente enquadrada no Centro de Documentação pelo Decreto Regulamentar n.º 41/91, que lhe atribuía competências específicas, incluindo o tratamento da informação e o apoio documental, sendo dirigida por um chefe equiparado a Chefe de Divisão. Em 2009, a Portaria n.º 1272 reorganizou as unidades orgânicas do Instituto, integrando a Biblioteca na Direção de Serviços de Planeamento e Gestão de Recursos, enquadramento que se manteve após nova reestruturação em 2012, que extinguiu definitivamente a respetiva chefia. A ideia de criação de uma Rede de Bibliotecas da Defesa Nacional e a constituição de um Catálogo Coletivo foi apresentada em 2005 pela Biblioteca do IDN, no contexto de reflexão técnica sobre a cooperação entre unidades documentais do sector da Defesa que apenas coexistiam. A consolidação deste projeto viria a ocorrer em 2015, ano em que se reuniram condições institucionais e operacionais para a implementação da Rede, com base no modelo técnico e no sistema de gestão bibliográfica utilizado pela Biblioteca do IDN, que passou a assegurar o suporte funcional e biblioteconómico da iniciativa.
O Decreto-Lei n.º 183/2014 veio redefinir a missão do IDN, centrando-a no apoio à formulação do pensamento estratégico nacional, assegurando o estudo, a investigação e a divulgação nos domínios da Segurança e da Defesa. Neste contexto, a Biblioteca continua a afirmar-se como um instrumento essencial de apoio ao conhecimento estratégico e à missão institucional do IDN.
