O Instituto Hidrográfico (IH) da Marinha Portuguesa foi fundado em 1960, pelo Decreto-Lei n.º 43177 de 22 de setembro, onde se determinava a Biblioteca como órgão central.
O fundo histórico da Biblioteca do Instituto Hidrográfico (BIH), conserva as cartas produzidas pelo IH, desde a sua fundação até à atualidade, bem como os documentos cartográficos produzidos pelas organizações da Marinha Portuguesa que antecederam o Instituto na atribuição de conhecer, investigar e mapear as águas territoriais nacionais, desde a antiga Secção Hidrográfica da Direção Geral dos Trabalhos Geodésicos do Reino (1869-1886), passando pela Missão Hidrográfica da Costa de Portugal (1912-1936), ou pela Direção de Hidrografia, Navegação e Meteorologia Náutica (1936), entre outras.
A BIH engloba ainda uma secção de Arquivo Técnico constituída, na sua grande maioria, por processos documentais que acompanham a elaboração de publicações náuticas oficiais (mapas, manuais, roteiros, avisos, tabelas de marés etc.), ou resultantes de levantamentos (p.e., pranchetas, esboços ou desenhos preparatórios, fotografias, tabelas de marés), campanhas e missões técnico-científicas realizadas ao longo do século XX. Incluem algumas interessantes coleções de desenhos, fotografias, ortofotomapas resultantes de levantamentos aerofotogramétricos realizados na primeira metade do século XX.
Embora maioritariamente respeitantes a Portugal continental e ilhas, alguns relatórios de missões abrangem os antigos territórios ultramarinos.
Os Regulamentos Internos de 1970 (Portaria n.º 399/70 de 14 de agosto), de 1979 (Portaria n.º 264/79 de 6 de junho), reiteram, com atualizações orgânicas, o estatuto e as atribuições da BIH que, desde 2015, passa a integrar a Direção de Documentação de acordo com o Decreto-Lei n.º 230/2015, de 12 de outubro, assim se mantendo até à atualidade.
O Fundo antigo, possui algumas edições históricas raras, uma cartoteca especializada em cartografia náutica dos séculos XIX a XXI, com cerca de 3500 documentos. A cartoteca conserva mapas e documentos náuticos produzidos por instituições internacionais, sendo de destacar as dos PALOP e ainda cartas especiais, topográficas, geológicas e planos portuários. Destacam-se os Fundos de documentação académica (artigos, teses, dissertações, estudos) e Técnica (Relatórios e Planos de Atividades, Protocolos e Acordos) e o Fundo Manuel Santos Estevens (1913-2001).
