Localizada atualmente no edifício dos Jerónimos em Lisboa, a Biblioteca Central de Marinha (BCM) é a sucessora da Biblioteca, da Academia, dos Guardas-Marinhas e da Biblioteca da Escola Naval. Nos fundos antigos salientam-se os provenientes das livrarias dos conventos das ordens religiosas extintas em Portugal no ano de 1834. Já em 1802 no decreto de 1 de Abril, o Príncipe D. João, futuro rei D. João VI, decidiu “Crear huma Bibliotheca para uso dos Guardas-marinhas da Minha Armada Real, (...) na qual se recolhão todos os Escriptos Maritimos, que existirem dos Authores Portuguezes, tanto manuscriptos como impressos; (…) tenho determinado fazer-se público, que todas as Pessoas, que possuírem alguns dos referidos Escriptos, e os quiserem doar, ou vender á Bibliotheca, os apresentem ao seu Inspector, de quem receberão o certificado da sua Doação, ou o preço da venda, que estipularem(...)".Durante as invasões francesas em 1807, a Corte muda-se para o Rio de Janeiro e em 1809 a Biblioteca foi transferida para o Brasil a bordo da Charrua “S. João Magnânimo", com mais de mil volumes e cerca de 700 títulos. Para além de livros e manuscritos seguiram também instrumentos náuticos, modelos navais e mobília.
Com o regresso da Corte a Lisboa, D. Maria II através do decreto de 7 de Janeiro de 1835, determina que é sua “(…) Intenção diffundir entre os leaes subditos de todas as classes as luzes da Instrucção, e os conhecimentos das Sciencias e Litteratura (…) Tendo ora particular attenção à Classe da Marinha do Estado, que muito desejo melhorar, preparando aos seus alumnos os meios de conseguir tão importante fim, pela applicação aos estudos próprios ou subsidiarios da sua nobre profissão: Hei por bem mandar crear, no Arsenal Real da Marinha, uma Bibliotheca, cujo primeiro fundo será formado dos Livros, Estampas, Instrumentos, e Modelos que se lhe poderem applicar do Deposito das Corporações extinctas, e cuja ulterior conservação, augmento, uso, e direcção será regulada pelas Instrucções que para esse fim Tenho mandado formalisar, depois de obterem a Minha Real Approvação (...)".
Muitas décadas mais tarde, depois de muitas reestruturações institucionais, em 1960, recebeu a designação de Biblioteca Central da Marinha, ficando a reger-se por um regulamento próprio.