O Arquivo Histórico da Força Aérea (AHFA),foi criado pelo Decreto-Lei 868/76, de 28 de dezembro, do Conselho da Revolução, com a denominação de Arquivo Histórico da Aviação Militar (AHAM), funcionando integrado no Museu do Ar (MUSAR),em Alverca.
Em 1981, pelo Despacho 13/81, de 27 de fevereiro, do Chefe do Estado-Maior da Força Aérea (CEMFA), este órgão passou a funcionar nas instalações do Aeródromo de Trânsito N.º 1 (AT1), na Portela de Sacavém, com a designação de Arquivo Central e Histórico da Força Aérea (ACHFA).
Estes primeiros arquivos nasceram com a preocupação de obter e salvaguardar a documentação de elevado valor histórico relacionada com a presença da Força Aérea no Ultramar (1961/1975), objetivo que se estendeu progressivamente não só à recolha da documentação inativa e oriunda das unidades, serviços e órgãos extintos, mas também à recolha de espólios pessoais e demais documentos de reconhecido valor histórico do âmbito aeronáutico militar nacional. Através da reestruturação da Força Aérea por força do Decreto-Lei 221/82, de 7 de junho, do Conselho da Revolução, este órgão foi englobado no Serviço Histórico da Força Aérea (SHFA), serviço que tinha a competência de "recolher, conservar, estudar e facultar a consulta ou expor publicamente o património histórico-cultural aeronáutico“.
Pelo Despacho N.º 44, de 7 de março de 1985 foi aprovado o "Regulamento de Conservação Arquivística da Força Aérea" (RCAFA).
Por Despacho do CEMFA, de 23 de maio de 1991, recebe a designação de AHFA integrando os Órgãos de Natureza Cultural (ONC) da Força Aérea, com o MUSAR e a Revista Mais Alto, ficando na dependência direta do CEMFA. Pelo Decreto-Lei 51/93, de 26 de fevereiro é determinada a criação da Comissão Histórico-Cultural da Força Aérea (CHCFA) onde é integrado. A missão, composição e organização do AHFA ficariam definidos posteriormente através do Decreto-Regulamentar 56/94, de 3 de setembro, e da subsequente promulgação do manual "Organização e Normas de Funcionamento dos Órgãos de Natureza Cultural". Pelo Despacho 77/2009, de 18 de dezembro, foi integrado no Serviço de Documentação da Força Aérea (SDFA), na dependência do Vice-Chefe do Estado-Maior da Força Aérea. Constatando-se que o AHFA tem uma importante função de natureza cultural na preservação das memórias, herança e legado da aeronáutica militar a nível nacional, e conservação do património histórico da Força Aérea, por Despacho do CEMFA 28/2013, de 10 de maio, o AHFA constituiu-se como órgão individualizado e passou para a direta dependência do CEMFA, deixando de integrar o SDFA. Com o Decreto Regulamentar N.º 2/2023, de 6 de junho, foi criada a Direção Histórico-Cultural da Força Aérea (DHCFA) e aí integrado o AHFA.